Habitat asli Ayam Tibet adalah lingkungan ekstrem yang berada di lokasi pegunungan Tibet dengan kondisi geografis pegunungan tinggi. Dibalik kemampuan adaptasi Ayam Tibet untuk bertahan di lingkungan ekstrem, terdapat struktur genetik dalam genom Ayam Tibet yang memungkinkan hal tersebut terjadi

Dalam menghadapi kondisi lingkungan yang ekstrem, seperti rendahnya kadar oksigen dan temperatur dingin di Dataran Tinggi Tibet, ayam hitam Tibet (Tibetan Black Chicken, TBC) mampu berkembang dengan baik, menunjukkan kemampuan adaptasi yang luar biasa. Mengupas rahasia ketahanan unggas ini, penelitian yang dilakukan oleh Jing Feng dan timnya berjudul “Analysis of the Selection Signal of the Tibetan Black Chicken Genome Based on Whole-Genome Sequencing” menjadi sangat relevan. Dengan pendekatan pemetaan genetik yang canggih, penelitian ini tidak hanya mengungkapkan variasi genetik spesifik ayam hitam Tibet, tetapi juga membuka peluang aplikasi praktis dalam industri perunggasan dan adaptasi spesies lain terhadap lingkungan ekstrem.

Penelitian ini mendapatkan dukungan finansial dari National Natural Science Foundation of China, serta program penelitian daerah terkait seperti R&D dan Transformasi Teknologi Kesehatan Xueyu White Chicken di Tibet. Bantuan dana ini penting dalam memungkinkan penggunaan teknologi pengurutan genom skala penuh, yang membuka wawasan baru dalam adaptasi dan evolusi unggas.

Latar belakang penelitian

Ayam hitam Tibet merupakan spesies asli dari Dataran Tinggi Tibet yang terkenal akan kemampuannya bertahan hidup di lingkungan dengan suhu rendah dan kandungan oksigen minim. Pada ketinggian antara 2.200 hingga 4.100 meter, adaptasi fisiologis diperlukan untuk menjaga fungsi vital tubuh agar tetap optimal. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa ayam Tibet ini memiliki beberapa keunggulan, seperti ketahanan terhadap penyakit, ketangguhan dalam kondisi cuaca ekstrem, dan kemampuan memanfaatkan pakan berkualitas rendah. Sifat-sifat ini menjadikan ayam hitam Tibet sebagai subjek menarik bagi studi adaptasi genetik.

Melalui teknik whole-genome sequencing (WGS), tim peneliti mengungkapkan sinyal-sinyal seleksi pada ayam hitam Tibet yang diyakini berperan dalam ketahanan tubuh dan daya adaptasi unggas ini terhadap ketinggian. Penelitian ini mencakup perbandingan genom ayam hitam Tibet dengan Red Jungle Fowl (RJF) yang merupakan leluhur terdekatnya, untuk mengetahui perbedaan pada tingkat molekuler yang berperan dalam seleksi alami. Analisis dilakukan untuk memahami bagaimana proses seleksi terhadap gen-gen ini membentuk karakteristik adaptif unggas.

Metode Penelitian: Pendekatan Detail untuk Memetakan Genom Adaptif

Untuk memetakan variasi genetik yang spesifik pada ayam hitam Tibet, tim peneliti menggunakan teknik whole-genome sequencing (WGS) yang mampu memberikan detail hingga tingkat nukleotida tunggal. WGS dalam penelitian ini dilakukan pada 30 sampel ayam hitam Tibet betina yang dipelihara dalam lingkungan seragam untuk meminimalisasi variabilitas lingkungan dalam hasil genom. Setiap ayam yang diteliti berusia sekitar 20 minggu dan dalam kondisi sehat, sehingga data yang diperoleh mencerminkan profil genetik yang stabil dan tidak terganggu oleh faktor-faktor kesehatan atau lingkungan sementara. Dengan teknik ini, tim berhasil menghasilkan lebih dari 327 Gb data mentah, yang kemudian diolah untuk mengidentifikasi variasi nukleotida tunggal (SNP) dan sinyal-sinyal seleksi.

Artikel ini merupakan potongan dari rubrik Riset pada majalah Poultry Indonesia edisi November 2024. Baca selengkapnya di Majalah Poultry Indonesia Edisi November 2024, dan untuk berlangganan atau informasi lebih lanjut, hubungi: https://wa.me/+6287780120754  atau sirkulasipoultry@gmail.com